Comenzó estudios de piano a los 4 años. Posteriormente ingresó al Conservatorio de Música Universidad Nacional de Colombia, en donde cursó estudios de piano entre los años 1982 y 1996. Se graduó con honores en la Universidad Distrital Francisco José de Caldas, Academia Superior de Artes de Bogotá (ASAB), como Maestro en Artes Musicales con énfasis en composición.
La combinación de su ancestro familiar arraigado a las tradiciones musicales colombianas, y sus estudios académicos, lo llevaron a la búsqueda de un nuevo lenguaje musical, con una gran riqueza rítmica, tímbrica y armónica, en el cual se entrelazan elementos de las tradiciones musicales colombianas, con elementos de la música académica y del jazz dando como resultado un estilo propio que abrió el camino hacia nuevas perspectivas en la Música colombiana de la región andina.
Su obra compositiva ha sido ampliamente galardonada, alcanzando a la fecha 24 premios en composición en los más importantes certámenes del género. Es uno de los iniciadores de la principal renovación de la música colombiana de la región andina en los últimos 30 años. Sus composiciones son interpretadas permanentemente por solistas y ensambles en Colombia y en el exterior, algunas en escenarios tan prestigiosos como el Carnegie Hall de New York y el Southbank Centre de Londres. Recientemente la Orquesta Filarmónica de Bogotá (OFB) le comisionó la realización del arreglo de su obra “Ancestro”, escogida junto con obras de otros reconocidos compositores, para el disco de celebración de los 50 años de la orquesta. Su obra lo ha convertido en un referente ineludible en la historia musical de Colombia.
Cuenta con 5 producciones discográficas: “Trío Nueva Colombia”, “El arte de la memoria”, “Pasión”, “Germán Darío Pérez S., 5 obras de cámara” y “Mi Camino, Trío Nueva Colombia, 30 años”, además de innumerables colaboraciones para músicos colombianos y latinoamericanos. Ha realizado conciertos y giras como solista y con el Trío Nueva Colombia en más de 15 países, dentro de los que se destacan Francia, Holanda, Suiza, Bélgica, Alemania, Italia, Argentina, Brasil, Uruguay, Bolivia, etc., países en los que su obra compositiva y sus cualidades interpretativas han sido ampliamente valoradas.
Actualmente se desempeña como profesor de la Universidad Pedagógica Nacional y de la Universidad El Bosque.